گروه مهندسی تولید و ژنتیک گیاهی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه لرستان، خرم‌آباد ، ismaili.a@lu.ac.ir
چکیده: (130 مشاهده)
خانواده ژنی پپتیدهای ضدمیکروبی Snakin/GASA به‌دلیل نقش‌های کلیدی خود در فرآیندهای فیزیولوژیکی گیاهان از جمله تنظیم رشد، پاسخ به تنش‌ها و دفاع ضدمیکروبی،به عنوان یکی از مهم‌ترین گروه از خانواده پپتیدهای ضدمیکروبی شناخته شده‌اند. این پپتیدها در مسیرهای پیام‌رسانی متنوعی مشارکت دارند و در تنظیم بیان ژن‌ها و القای مقاومت به تنش‌های زیستی نقش مهمی ایفا می‌کنند. در این مطالعه، شش عضو از خانواده Snakin/GASA برای نخستین‌بار در گیاه داروییEchinacea purpurea شناسایی و مورد بررسی مولکولی قرار گرفتند. سرهم‌بندی نوپدید ترنسکریپتوم بر پایه داده‌های RNA-seq از بافت‌های مختلف سرخارگل، منجر به شناسایی 27679 رونوشت شد. در میان آن‌ها، شش ژن با نام‌های Epu-Snakin1 تا Epu-Snakin6 از طریق تجزیه و تحلیل‌های بیوانفورماتیکی و تأیید PCR شناسایی شدند. پروتئین‌های حاصل، دارای وزن مولکولی کمتر از 12 کیلو دالتون و نقاط ایزوالکتریک بین 61/8 تا 28/9 بودند. در تمامی توالی‌ها پپتید سیگنال در ناحیه آمینی مشاهده شد و در پنج مورد نیز وجود حداقل یک مارپیچ گذرنده از غشا پیش‌بینی شد. پیش‌بینی‌های عملکردی بر پایه الگوریتم‌های یادگیری ماشین، خاصیت ضدمیکروبی قوی را برای تمامی پپتیدهای شناسایی شده تأیید کرد. تحلیل موتیف‌های حفاظت‌شده و پیوندهای دی‌سولفیدی درون‌مولکولی، ثبات ساختاری این پروتئین‌ها را نشان داد. علاوه بر این تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی، این ژن‌ها را در سه گروه اصلی طبقه‌بندی کرد که قرابت نزدیکی با ژن‌های همولوگ در آفتابگردان داشتند. الگوی بیانی (این سیلیکو) ژن‌های شناسایی شده نیز نشان داد که برخی به‌صورت گسترده در بافت‌های مختلف بیان می‌شوند، در حالی که برخی دیگر دارای الگوی بیانی اختصاصی در بافت‌های گل یا رویشی هستند. نتایج این پژوهش دیدگاه تازه‌ای از ساختار و عملکرد ژن‌های Snakin/GASA در سرخارگل ارائه می‌دهد و کاربردهای بالقوه آن‌ها را در توسعه داروهای گیاهی و زیست‌فناوری کشاورزی پیشنهاد می‌کند.
Zeynivand M, Ismaili A, Sohrabi S S, Armand N. Identification, Isolation and Characterization of Some Members of the Snakin/GASA Genes Family in Echinacea purpureae. pgr 2025; 11 (2) :85-104 URL: http://old-pgr.lu.ac.ir/article-1-332-fa.html
زینی وند مهتاب، اسماعیلی احمد، سهرابی سید سجاد، آرمند نظام. شناسایی، جداسازی و تعیین خصوصیات برخی از اعضای خانواده ژنی Snakin/GASA در سرخارگل (Echinacea purpureae). پژوهش های ژنتیک گیاهی. 1403; 11 (2) :85-104
